A Superintendência do Sistema Penitenciário do Estado (SUSIPE) foi criada pelo Decreto-Lei nº 299, de 19 de maio de 1970, que trouxe no seu bojo a sua estruturação. No ano seguinte, em 13 de março, foi publicado o Decreto nº 2.340, cujo conteúdo era o seu regulamento e onde fora definida sua finalidade, pois na mesma data, o Decreto nº 2.341 instituiu o Regulamento Penitenciário do Estado, que explicava as metas no âmbito administrativo dos estabelecimentos penais.
Em 01 de setembro de 1981, foi publicado no Diário Oficial do Estado a nova estrutura organizacional da SUSIPE, por meio do Decreto nº 7.420 de 31 de agosto de 1981, no qual criou chefias de divisões e serviços.
Em 1991, o Decreto nº 15.344, de 18 de outubro alterou a nomenclatura de Superintendência do Sistema Penitenciário do Estado (SUSIPE) para Diretoria do Sistema Penitenciário (DISIPE), mas logo retornou à sua denominação anterior e permaneceu até a Reforma do Estado, consolidada pela Lei Complementar nº 049, de 31 de janeiro de 2003. Nessa lei, a competência do Sistema Penitenciário passou para a Secretaria de Cidadania e Politicas Sociais, e no Decreto nº 25.287, de 10 de março de 2003, foi criada a Secretaria Executiva de Ressocialização (SERES), órgão vinculado à Secretaria de Cidadania e Politicas Sociais.
Posteriormente, a SERES passou a ser vinculada à Secretaria de Defesa Social do Estado e, por fim, foi integrada à Secretaria de Justiça e Direitos Humanos (SJDH) quando em 8 de janeiro de 2024, passou para a atual Secretaria de Administração Penitenciária e Ressocialização (SEAP).